COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-06 17:00:00 10.425699 10.425699 11.345362
2021-05-05 17:00:00 9.256102 9.256102 11.494530
2021-05-04 17:00:00 9.659440 9.659440 11.532669
2021-05-03 17:00:00 12.723539 12.723539 11.786300
2021-05-02 17:00:00 14.393832 14.393832 12.009253
2021-05-01 17:00:00 11.098176 11.098176 12.152301
2021-04-30 17:00:00 12.734763 12.734763 12.381369

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-06 17:00:00 12.554113 12.554113 11.009332
2021-05-05 17:00:00 10.355987 10.355987 10.907816
2021-05-04 17:00:00 5.494505 10.762767 10.780844
2021-05-03 17:00:00 9.762533 9.636364 10.485718
2021-05-02 17:00:00 15.014164 15.014164 10.321032
2021-05-01 17:00:00 10.600375 10.600375 10.061560
2021-04-30 17:00:00 9.151515 9.151515 9.886122

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-06 17:00:00 22.047244 22.047244 17.857455
2021-05-05 17:00:00 22.407170 22.407170 18.285341
2021-05-04 17:00:00 11.960133 11.960133 18.172557
2021-05-03 17:00:00 14.772727 3.746398 18.311091
2021-05-02 17:00:00 22.383721 10.976479 18.556664
2021-05-01 17:00:00 28.674352 28.674352 18.839415
2021-04-30 17:00:00 26.219512 26.219512 19.197230

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-06 17:00:00 10.141928 10.141928 9.494536
2021-05-05 17:00:00 7.939614 7.939614 9.841884
2021-05-04 17:00:00 10.370879 10.370879 10.096510
2021-05-03 17:00:00 13.028571 6.791778 10.375171
2021-05-02 17:00:00 14.689266 8.686409 10.736720
2021-05-01 17:00:00 10.439901 10.439901 11.186756
2021-04-30 17:00:00 11.539560 11.539560 11.492394

Campania