COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-25 17:00:00 19.084453 15.228136 15.245827
2021-02-24 17:00:00 15.522896 15.522896 15.076472
2021-02-23 17:00:00 14.933375 14.933375 14.885536
2021-02-22 17:00:00 16.860720 16.860720 14.697976
2021-02-21 17:00:00 13.928205 13.928205 14.546284
2021-02-20 17:00:00 14.616740 14.616740 14.425924
2021-02-19 17:00:00 16.313776 16.313776 14.335225

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-25 17:00:00 12.611047 12.611047 12.137909
2021-02-24 17:00:00 11.334746 11.334746 11.989077
2021-02-23 17:00:00 10.956108 16.587275 11.951643
2021-02-22 17:00:00 4.696280 11.441170 11.914915
2021-02-21 17:00:00 5.152105 11.831118 11.881695
2021-02-20 17:00:00 10.325507 10.325507 11.833270
2021-02-19 17:00:00 20.000000 11.619428 11.713726

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-25 17:00:00 16.358839 16.358839 13.593495
2021-02-24 17:00:00 18.281938 18.281938 13.325712
2021-02-23 17:00:00 15.961945 15.961945 13.214999
2021-02-22 17:00:00 18.222222 5.408971 13.164646
2021-02-21 17:00:00 9.878419 9.878419 13.129502
2021-02-20 17:00:00 11.578947 11.578947 13.108506
2021-02-19 17:00:00 13.478692 13.478692 13.222585

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-25 17:00:00 8.279983 9.756098 8.260072
2021-02-24 17:00:00 11.834823 8.547009 8.224797
2021-02-23 17:00:00 5.814536 5.814536 8.117291
2021-02-22 17:00:00 12.102564 5.932629 8.148238
2021-02-21 17:00:00 8.709016 8.709016 8.110887
2021-02-20 17:00:00 11.145194 11.145194 8.180561
2021-02-19 17:00:00 8.903421 8.903421 8.035591

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-25 17:00:00 15.792610 10.839624 11.573046
2021-02-24 17:00:00 16.280456 12.040832 11.679446
2021-02-23 17:00:00 35.623915 11.280883 11.807649
2021-02-22 17:00:00 17.385016 9.653068 11.937801
2021-02-21 17:00:00 12.256968 12.256968 11.995341
2021-02-20 17:00:00 11.825682 11.825682 12.136897
2021-02-19 17:00:00 14.312284 14.312284 12.305127

Emilia-Romagna