COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-10-26 17:00:00 5.947421 5.947421 6.202161
2021-10-25 17:00:00 8.217979 8.217979 6.026599
2021-10-24 17:00:00 6.812861 6.812861 5.827718
2021-10-23 17:00:00 6.136742 6.136742 5.595916
2021-10-22 17:00:00 6.052669 6.052669 5.416566
2021-10-21 17:00:00 5.774734 5.774734 5.234177
2021-10-20 17:00:00 5.159150 5.159150 5.085392

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-10-26 17:00:00 3.735326 3.735326 3.890168
2021-10-25 17:00:00 1.180438 0.405093 3.806018
2021-10-24 17:00:00 4.803241 4.803241 3.681956
2021-10-23 17:00:00 6.616862 6.616862 3.532469
2021-10-22 17:00:00 6.024885 6.024885 3.414738
2021-10-21 17:00:00 4.210526 4.210526 3.330254
2021-10-20 17:00:00 3.050847 3.050847 3.270474

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-10-26 17:00:00 8.212560 8.212560 9.228221
2021-10-25 17:00:00 8.333333 20.833333 9.522574
2021-10-24 17:00:00 13.223140 13.223140 9.487075
2021-10-23 17:00:00 6.993007 6.993007 9.400061
2021-10-22 17:00:00 7.643312 7.643312 9.382003
2021-10-21 17:00:00 6.694561 6.694561 9.086518
2021-10-20 17:00:00 9.615385 9.615385 8.925484

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-10-26 17:00:00 4.732510 4.732510 5.600307
2021-10-25 17:00:00 9.778598 4.448175 5.440799
2021-10-24 17:00:00 6.407767 6.407767 5.393847
2021-10-23 17:00:00 6.813088 6.813088 5.260486
2021-10-22 17:00:00 4.640000 6.668200 5.175755
2021-10-21 17:00:00 5.908720 5.908720 5.097365
2021-10-20 17:00:00 6.000839 6.000839 5.043795

Campania